Dopo aver ricevuto il flusso di dati da parte del Lunar Crater Observation and Sensing Satellite (LCROSS), lo scorso 22 Agosto 2009, il mission operations team, ha scoperto che la sonda aveva avuto un'anomalia.
Infatti, secondo i dati trasmessi dal veicolo, l'Internal Reference Unit (IRU) ha avuto un'avaria. L'IRU è un sensore impiegato dal sistema di controllo attitudinale (ACS) dello spacecraft per la determinazione dell'orientamento e della traiettoria. Questa avaria ha costretto l'ACS ad usare lo Star Tracker Assembly per ottenere le informazioni sulla posizione di LCROSS, causando un eccessivo utilizzo dei propulsori della sonda, ed il conseguente elevato consumo di propellente. Ad ogni modo, le stime iniziali hanno stabilito che il propellente residuo dovrebbe essere sufficiente per il completamento dell'intera missione.
I responsabili della missione LCROSS hanno perciò dichiarato una “spacecraft emergency” assegnando del tempo di trasmissione addizionale al Deep Space Network. Il team di gestione ha messo in atto quindi le procedure per mitigare il problema, riuscendo a far ripartire l'Internal Reference Unit e a riportare così il consumo del propellente ai livelli nominali. Sono state inoltre implementate delle procedure automatiche per ridurre al minimo le possibilità dell'insorgenza di un'altra anomalia dell'IRU mentre la sonda si trova fuori dal contatto con la Terra. Dal momento del re-start dell'IRU, LCROSS non ha manifestato ulteriori problemi.
Il team di gestione della missione sta continuando il controllo della situazione ed è in stretto contatto con i costruttori dell'IRU e dello star tracker per tentare di comprendere la causa del problema. I mission managers restano comunque ottimisti sul destino finale della missione che prevede l'impatto dello spacecraft al polo sud lunare; impatto previsto per le ore 04:30 PDT del 9 Ottobre 2009.
LCROSS è una missione low-cost, associata a quella del Lunar Reconaissance Orbiter. Entrambi i veicoli sono stati lanciati da cape Canaveral, Florida, il 18 Giugno 2009. L'obiettivo principale di LCROSS è quello di confermare o smentire la presenza di acqua in una regione permanentemente all'ombra nei pressi del polo sud della Luna.